Σε συνεργασία με Ιδιωτικά κέντρα ανέπτυξε για πρώτη φορά στην Κρήτη την ειδική εξέταση της Αξονικής Κολονοσκόπησης με διενέργεια περισσότερων από 300 εξετάσεων έως και σήμερα.
Από την Ακαδημαϊκή περίοδο 2012-2013 επανεντάχθηκε στο Κλινικό Έργο του Τομέα Ακτινολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Ηρακλείου στο οποίο εργάζεται έως και σήμερα. Η κύρια Κλινική ενασχόλησή του είναι η Επεμβατική Ακτινολογία καθώς και η απεικόνιση αγγείων με έγχρωμο Doppler και Αξονική Αγγειογραφία. Ειδικότερα στον τομέα της Αξονικής Τομογραφίας ανέπτυξε το κομμάτι των Αξονικών Αγγειογραφιών, της Αξονικής Στεφανιογραφίας καθώς και του πολύ εξειδικευμένου καινοτόμου διαγνωστικού εργαλείου της αιμάτωσης όγκων ήπατος (CT-Liver Perfusion).
Eπίσης, ο κος. Χατζηδάκης οργανώνει και διευθύνει τις εβδομαδιαίες κλινικό-απεικονιστικές συναντήσεις του Eργαστηρίου Iατρικής Aπεικόνισης από κοινού με τη Γαστρεντερολογική Kλινική του Πανεπιστημιακού Nοσοκομείου Hρακλείου, όπου σχολιάζονται και συζητούνται κλινικά περιστατικά. Μέσω αυτών των συναντήσεων έχει αναπτυχθεί ένα άτυπο ογκολογικό συμβούλιο για ασθενείς με Ηπατοκυταρικά καρκινώματα, όπου συζητάται η διαγνωστική και θεραπευτική προσέγγιση τους. Υπάρχει εξαιρετική συνεργασία για τη διαχείριση των ασθενών αυτών και τη χρήση της Μαγνητικής Τομογραφίας με ειδικά ηπατο-ειδικά σκιαγραφικά σε συνδυασμό με τη νέα μέθοδο Αξονικής Τομογραφίας για τη μελέτη της ηπατικής αιμάτωσης (CT-Liver Perfusion) που έχει αναπτυχθεί για πρώτη φορά Πανελληνίως στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Ηρακλείου.